Používají se stereomikroskopy Greenoughuva nebo Galileova konstrukčního typu. Pro mikroskopy dle Galilea se též používá název „teleskopický stereomikroskop“.
Jsou to v zásadě dvě odlišné konstrukce, které se liší svými vlastnostmi. Rozdíly mezi jednotlivími konstrukčními typy je možno popsat následujícím způsobem:
| Greenoughova koncepce | Telescopická koncepce (CMO = Center Mounted Objective) |
|---|---|
 |
 |
| Dva identické objektivy jsou uspořádány s odkloněním o malý úhel a jsou generovány dva odlišné obrazy. Toto je pozorováno v pravém a levém okuláru a takto je zkombinováním obrazů vytvářen obraz třídimenzionální. | Dva mikroskopické systémy jsou uspořádány paralelně a dělí se o společný objektiv. Stereo úhel je vytvářen speciálně párem osově umístěných svazků paprsků. |
| Výhody: | Výhody: |
|
|
Greenoughův design však přináší nechtěný problém, který je způsoben šikmým odkloněním každé trubice s optickými prvky od hlavní (vertikální) osy o 5 až 6° (celkem mezi . osami 10 až 12º). Tomuto jevu se říká „lichoběžníkový efekt“. Projevuje se tím, že oblast v levé části pravého obrazu vypadá menší než stejná oblast v pravé části. To samé platí obráceně pro levý obraz. Tento efekt vzniká z toho důvodu, že oba vzniklé obrazy jsou nakloněny vzhledem k rovině vzorku a jeden k druhému. Při stejném zvětšení je obraz ostrý přesně pouze střed zorného pole, což však je při pozorování pouhým okem neznatelné. Malá změna rozlišení a ostrosti v zorném poli je však dobře pozorovatelná při pořízení fotografie nebo při digitálním záznamu pouze jednoho obrazu.
Je těžké určit, který z výše uvedených dvou konstrukcí je absolutně lepší, protože ve stereomikroskopii neexistují jasná kritéria určování kvality. Systémy se společným objektivem však mají lepší světelnost kvůli velkému objektivu a většinou poskytují i lepší opravu optické aberace. CMO systémy jsou především vhodné pro mikrofotografii, ale záleží na rozhodnutí každého, ke kterému designu se přikloní. Většinou záleží na konkrétní aplikaci, kde se bude stereomikroskop používat. Greenougovy mikroskopy se používají v aplikacích jako je pájení miniaturních elektronických součástek, pitvání biologických vzorků a podobné rutinní úlohy. Tyto mikroskopy jsou relativně levné, malé a lehké. Snadno se udržují a používají. Systémy se společným objektivem se používají v aplikacích, kdy je potřebné velké optické rozlišení a vysoká světelnost.
